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所得税法74条1項は、居住者が、各年において、自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族の負担すべき社会保険料を支払った場合又は給与から控除される場合には、その支払った金額又はその控除される金額を、その居住者のその年分の総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額から社会保険料控除として控除する旨を規定しています。 そして、この「負担すべき社会保険料」とは、「正当に負担すべき社会保険料」をいうものと解されています。 ご質問の場合、平成18年から平成20年において支払った国民健康保険税(料)の金額が計算誤りにより過大であったとされた部分は、正当に負担すべき国民健康保険税(料)ではなかったことになりますので、還付を受けた国民健康保険税(料)は、平成21年中に支払った社会保険料の額から控除するのではなく、平成18年分から平成20年分までの確定申告に係る社会保険料控除の金額について、それぞれ正当な社会保険料控除の金額に訂正したところで修正申告する必要があります。 なお、過誤納金に利息が付されていた場合のその利息は、還付を受けた日の属する年の雑所得となります。
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