【解説】

１　租税特別措置法第３１条の４《長期譲渡所得の概算取得費控除》では、土地建物を譲渡した場合における長期譲渡所得の金額の計算上収入金額から控除する取得費は、所得税法３８条にかかわらず、当該収入金額の５パーセントに相当する金額とする旨規定していますが（同条１項本文）、その５パーセントに相当する金額が実際の取得費の額に満たないことが証明された場合には、その実際の取得費の額とする旨規定しています（同条１項ただし書）。
　　そして、租税特別措置法通達３１の４－１では、「租税特別措置法第３１条の４第１項の規定は、昭和２７年１２月３１日以前から引き続き所有していた土地建物等の譲渡所得の金額の計算につき適用されるのであるが、昭和２８年１月１日以後に取得した土地建物等の取得費についても、同項の規定に準じて計算して差し支えないものとする。」と規定し、その取得年次にかかわらず長期譲渡所得の計算に当たっては概算取得費５パーセントの適用を認めています。
２　また、所得税基本通達３８－１６では、「土地建物等以外の資産に係る譲渡所得の取得費が不明な場合、譲渡収入の５パーセントを取得費として譲渡所得の金額を計算しているときは、これを認めて差し支えない。」という取扱がされているところ、同通達逐条解説では、「長期譲渡所得は、土地建物等と土地建物等以外の資産の種類は異なるものの、いずれも長期保有資産の値上がり益に対する課税であるという点において同じであり、これらの取得費の計算を異にしなければならないという理由が特にないこと、取得費を譲渡収入金額の５パーセント相当額と計算しても課税上特に弊害がないこと、取得費の簡便な計算方法の取扱いを定めた方が納税者の利便が図られるという観点から、土地建物等以外の資産を譲渡した場合の取得費は、譲渡収入金額の５パーセントに相当する金額と計算しても差し支えないものとして取り扱うことを明らかにした」ものである旨解説されているところです。
３　そうしますと、上記２の所得税基本通達３８－１６の取扱は、上記１の租税特別措置法第３１条の４の規定を土地建物等以外の資産にも範囲を広げて適用することを認めたものと考えられますので、所得税基本通達３８－１６を適用して譲渡収入の５パーセントを取得費とした場合であっても、後にその５パーセントに相当する金額が実際の取得費の額に満たないことが証明された場合にこれを認めないとする規定は設けられていませんので、上記２の租税特別措置法第３１条の４第１項ただし書と同様に取り扱われることになるのではないかと考えられます。
　　したがって、ご質問の場合においても、実際に判明した取得費の額に基づく更正の請求（通法２３条）は可能であると考えられます。

【収録日】

平成３０年 ６月２７日