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１ 受取配当等の益金不算入制度の改正の趣旨について
（１）受取配当等の益金不算入額は、次のイ～ニの４つの区分に応じて算定されることとされています（法法２３、法令２１～２２の３の２）。
イ 完全子法人株式等（その配当等の額の計算期間を通じて完全支配関係があった法人の株式等）…配当等の全額（法法２３〔１〕本文）
ロ 「関連法人株式等」（その支払基準日以前６月間継続して発行済株式等の３分の１超の株式等を保有する法人の株式等）…配当等の額－負債利子の額（法法２３〔４〕）
ハ 非支配目的株式等（その配当等の額の支払基準日に発行済株式等の５パーセント以下の株式等を保有する法人の株式等）…配当等の額×２０パーセント（法法２３〔１〕かっこ書き）
ニ その他の株式等（上記イ、ロ及びハのいずれにも該当しない株式）…配当等の額×５０パーセント（法法２３〔１〕かっこ書き）
（２）「関連法人株式等」又は「非支配目的株式等」に該当するかどうかの判定については、対象となる「内国法人」に「当該内国法人との間に完全支配関係がある他の法人を含む」（法法２３〔４〕〔６〕）取扱いとされています。
なお、この取扱いは、令和４年４月１日以後に開始する事業年度分の法人税について適用され、同日前に開始した事業年度分の法人税については、従来どおり適用されます（令和２年改正法附則１五ロ、１４）。
（３）これは、令和２年度税制改正の連結納税制度の見直しに伴う措置で、それまで受取配当等の益金不算入額の計算は連結納税グループ全体で行い、その益金不算入額については各連結法人の個別帰属額として、各連結法人の受取配当等の金額に応じて案分することになっていました（旧法法８１の４、旧法令１５５の１１）。それゆえ、「関連法人株式等」又は「非支配目的株式等」に該当するかどうかの判定も、「連結法人（当該連結法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人を含む。）」（旧法令１５５の１０）として、対象となる連結法人の所有株式に連結支配関係がある他の連結法人の所有株式も含む取扱いとされていました。
すなわちこれは、連結納税制度からグループ通算制度への移行に伴って「連結支配関係」での判定から、「完全支配関係」での判定に変更したものと解されます。この場合、連結納税制度における「連結完全支配関係」には、当然「個人」の入る余地はありませんから、この改正においても、完全支配関係がある「他の法人」の有する株式等を含めて判定することとされ、完全支配関係がある「他の個人」の有する株式等はその対象としないこととされていると理解できます。
２ ご質問について
ご質問のＣ社の株主構成は、Ｂ社が１５パーセントのほか、個人Ａが２５パーセントを保有するとのことですが、Ｂ社株式はすべて個人Ａが保有するとのことですから、Ｂ社は「個人Ａ」による完全支配関係がある法人ということになります。
しかし、上記１（２）のとおり、「関連法人株式等」に該当するかどうかの判定について、対象となる「内国法人」に含めるのは、当該内国法人との間に完全支配関係がある「他の法人」であるところ、Ｂ社と完全支配関係があるのは「個人Ａ」であって「法人」ではありません。
したがって、「Ｂ社がＣ社の株式を１５パーセント保有していること」のみを踏まえて判定することになり、それは「非支配目的株式等」（その配当等の額の支払基準日に発行済株式等の５パーセント以下の株式等を保有する法人の株式等）にも該当しませんから、Ｂ社の所有するＣ社株式は結局「その他の株式等」に該当することになります。
よって、「本件配当金」については、「配当等の額×５０パーセント」の金額を益金不算入とすることになると考えられます。
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