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税務上の損金算入が認められる短期前払費用につきましては、課税上弊害が生じない範囲内で費用計上の基準を緩和し、支払ベースでの費用計上を認めるものと解されています（法基通２－２－１４）。
例えば、（１）いわゆる利益調整のために月払いから年払いに支払いを変更するような場合の短期前払費用については損金算入が認められず、また、（２）税務上の短期前払費用は、１年以内に提供を受ける役務の対価に限定しておりますので、１年を超える役務提供の対価を支払うような場合には損金算入が認められず、（３）更に、財テクを目的として借入れを行い、その借入資金を預金、有価証券等の金融資産に運用するような場合、その借入金と運用資産とが明らかにひも付きの見合関係にあるときの借入金利子については、仮に１年以内の短期の前払利子を支払ったとしても損金算入が認めないとして取り扱われます。
したがいまして、ご質問の場合、極端な利益の上昇を押さえるため一部地域の賃借店舗の家賃について月払いから年払いに変更するということですが、上記のとおり、利益調整のための短期前払費用の支出は、税務上、損金算入が認められない場合が多いと考えられます。
なお、国税庁が公開しております法人税の「質疑応答事例」においても、短期前払費用の取り扱いに関し、『利益が出たから今期だけまとめて１年分支払うというような利益操作のための支出や収益との対応期間のズレを放置すると課税上の弊害が生ずると認められるものについては、これを排除していく必要があります。』として税務上の短期前払費用の取り扱いを明らかにしておりますのでご参考としていただきたいと思います（国税庁ホームページ・『質疑応答事例・法人税・短期前払費用の取り扱いについて』）。
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